科学仪器设备研制涉及多个学科和先进技术，产品研发周期长，形成产品的市场周期更长，需要投入大量资金，而且科学仪器研发还与科学研究水平息息相关。因此，不能期望我国科学仪器设备产业在很短时间内，就能全面赶上甚至超过国际仪器设备的制造水平，但可优先发展具有我国特色、适合我国市场需求的科学仪器产品，避免与跨国公司的直接竞争。对此，提出六点建议：
利用特色资源，发展专用领域分析仪器及系统。我国在工农业生产、环境保护和食品安全等领域用的科学仪器有一定研发基础。同时，工业企业生产用科学仪器需要提供现场服务，但跨国公司提供现场服务的大多是代理公司，因此，跨国公司难以得到价值链的全部利润，这些给我国仪器生产企业提供了机遇。我国科学仪器产业可重点发展上述领域的专用分析仪器，包括农产品和食品营养成分检测、农药及残留检测、土壤速测等农业和食品专用仪器，环境监测仪、生命科学仪器、煤矿安全检测仪等。
发展有一定研发基础的高档科学仪器产品。“十五”“十一五”期间，国家科技计划支持了一批高档科学仪器的研发，有些项目已经开始产业化。“十三五”期间，建议将这些项目作为产业化支持的重点。依据目前我国的工业基础，还难以制造出具有竞争力的高端质谱仪，但并不是所有使用质谱仪的领域都要求很高的灵敏度和分辨率。在一些特定领域，对于在线、快速、专属性的要求胜过对其他指标的要求，生产这样的专用质谱仪器，不仅可以满足用户的需求，还可以避免与跨国公司直接竞争。